Istnieje szereg klasyfikacji ontologii. Guarino ze względu na poziom uogólnienia zaproponował podział ontologii na:
Ontologia ogólna, zwana także ontologią najwyższego poziomu, opisuje ogólną wiedzę o świecie oraz dostarcza podstawowych konceptów o czasie, przestrzeni, zdarzeniu i stanie. Ontologie dziedzinowe zajmują się wiedzą charakterystyczną dla określonej dziedziny lub z wybranego wycinka rzeczywistości. Pojęcia, które są używane do ich opisu, są wynikiem specjalizacji pojęć zdefiniowanych w ontologii ogólnej. Natomiast ontologia zadania charakteryzuje słownik związany z określonym zadaniem lub czynnością. Różni się od ontologii dziedzinowej tym, że dla potrzeb rozwiązania problemu mogą być wykorzystane pojęcia z różnych dziedzin. Ontologia aplikacji zawiera te pojęcia, które są wymagane dla opisu wiedzy dla poszczególnych aplikacji. Często jest ona uszczegółowieniem innych związanych ze sobą ontologii.
Ontologie mogą być także klasyfikowane według następujących głównych wymiarów:
W wymiarze formalności można rozróżnić cztery rodzaje ontologii:
Wyróżnia się także ontologie „lekkie” i „ciężkie”. Dla pierwszych z nich określona zostaje taksonomia pojęć oraz relacje pomiędzy nimi. Drugie z nich są wyrażone za pomocą aksjomatów, posiadają mechanizm wnioskowania oraz charakteryzują się wysokim poziomem sformalizowania.