Istnieje szereg klasyfikacji ontologii. Guarino ze względu na poziom uogólnienia zaproponował podział ontologii na:

• ogólną,
• dziedzinową,
• zadania,
• aplikacji.

Ontologia ogólna, zwana także ontologią najwyższego poziomu, opisuje ogólną wiedzę o świecie oraz dostarcza podstawowych konceptów o czasie, przestrzeni, zdarzeniu i stanie. Ontologie dziedzinowe zajmują się wiedzą charakterystyczną dla określonej dziedziny lub z wybranego wycinka rzeczywistości. Pojęcia, które są używane do ich opisu, są wynikiem specjalizacji pojęć zdefiniowanych w ontologii ogólnej. Natomiast ontologia zadania charakteryzuje słownik związany z określonym zadaniem lub czynnością. Różni się od ontologii dziedzinowej tym, że dla potrzeb rozwiązania problemu mogą być wykorzystane pojęcia z różnych dziedzin. Ontologia aplikacji zawiera te pojęcia, które są wymagane dla opisu wiedzy dla poszczególnych aplikacji. Często jest ona uszczegółowieniem innych związanych ze sobą ontologii.

Ontologie mogą być także klasyfikowane według następujących głównych wymiarów:

• stopień formalności według którego jest tworzone słownictwo oraz określane znaczenie,
• cel, czyli zamierzone użycie ontologii,
• charakter przedmiotu, który opisuje ontologia.

W wymiarze formalności można rozróżnić cztery rodzaje ontologii:

• nieformalne ontologie, które są wyrażone luźno w języku naturalnym,
• ontologie o nieformalnej strukturze, które otrzymuje się po dodaniu pewnego stopnia struktury językowi naturalnemu, są one wyrażone w ograniczonej i strukturalizowanej postaci języka naturalnego,
• półformalne ontologie, które są wyrażane w sztucznym języku,
• formalne ontologie, które są wyrażone drobiazgowo zdefiniowanymi terminami z formalną semantyką, twierdzeniami i dowodami własności takich jak trafność i kompletność.

Wyróżnia się także ontologie „lekkie” i „ciężkie”. Dla pierwszych z nich określona zostaje taksonomia pojęć oraz relacje pomiędzy nimi. Drugie z nich są wyrażone za pomocą aksjomatów, posiadają mechanizm wnioskowania oraz charakteryzują się wysokim poziomem sformalizowania.